Celem Teamu Aqua jest schwytanie Legendarnego Pokemona Kyogre i unicestwienie Teamu Magma. Aby dołączyć musisz mieć pozwolenie od Lidera i musisz posiadać 1 lub więcej wodnych pokemonów. Lub któregoś z niżej wymienionych:
Carvanha/Sharpeedo
Pochyena/Mightyena
Zubat/Golbat/Crobat

                                                                                   
                                                                                                        Leader: NEAPOL